OmniPlan は Microsoft Project と互換性があります。また常にその互換性を向上させる努力をしていますが、いくつか注意していただきたいことがあります。 タスクを分割 — ある期間作業して中断し、また後で作業を再開するといったタスクの分割が OmniPlan ではまだできません。分割されたタスクが存在するファイルの読み込みを実行すると、そのタスクは途中に中断がない 1 つながりの長いタスクになります。
タスクグループへの割り当て — Microsoft Project では、リソースをタスクのグループに割り当てることができます。OmniPlan では、グループ自体ではなく、そのグループ内のすべてのタスクにリソースが割り当てられます。このため、タスクグループに割り当てられた項目がある Microsoft Project ドキュメントを読み込むと、リソースの割り当てが読み込まれなかったことを知らせる警告が制約違反の列に表示されます。
効率 — Microsoft Project では、OmniPlan でいうところの 効率 と呼ばれるリソースの属性に対応していません。
期間がゼロのタスク — Microsoft Project ではタスクの期間をゼロに設定することができます。一方 OmniPlan では期間がないタスクはマイルストーンとみなされます。このため、Microsoft Project ドキュメントの読み込みを実行すると、期間がゼロのタスクは OmniPlan ではマイルストーンになります。
均等でない割り当て — Microsoft Project では、タスクに 2 つ以上のリソースを割り当てる場合、各リソースごとに作業時間を何時間にするかを設定することができます。特に指定しない場合は、各リソースにはそのタスクができるだけ早く完了するように作業時間が割り当てられます（このときスケジュールとリソースの割り当て単位が考慮されます）。OmniPlan では、常に上記の自動算出方法が用いられます。ですから、あるタスクに割り当てたれたリソースに作業時間が設定されている場合、OmniPlan と Microsoft Project では作業時間の合計が異なる結果になる場合があります。
Unicode 文字 — Microsoft Project MPX ファイル形式は Unicode 文字エンコーディング標準に対応していません。日本語などの Unicode 文字を使用している OmniPlan 書類を書き出す場合は、より新しい Microsoft Project XML ファイル形式を利用する必要があります。